В далеком будущем цивилизации Галактики решают оставить в прошлом былые распри и создают Содружество Систем, включающее в себя все обитаемые миры. На протяжение нескольких лет царит мир и благоденствие, пока однажды у границ галактического сообщества не появляется могущественная раса магогов, прибывшая из далекого космоса. Не в силах противостоять пришельцам, объединенное правительство соглашается выполнить их требование и передать им колонию ницшеанцев, населенную генно-модифицированными людьми. Посчитав это предательством, они поднимают восстание, на подавление которого отправляется флагман звездного флота «Андромеда». Во время боя с повстанцами крейсер получает повреждения и оказывается в зоне притяжения Черной дыры, в которой время практически остановилось. Однако спустя триста лет его находит экипаж «Эврика Мару» и вызволяет из ловушки. Узнав о том, что за прошедшее время союз распался и в Галактике царит хаос, капитан спасенного судна решает сделать все возможное для восстановления канувшего в Лету Содружества.