В 2014-ом город Сан-Франциско серьезно пострадал из-за нашествия кайдзю. Правительство США в течении последующих пяти лет прикладывает серьезные усилия, чтобы восстановить инфраструктуру. Корпорация Монарх заинтересована в изучении монстров. Ведущий специалист по имени Эмма Расселл лишилась сына в результате упомянутой катастрофы. Она руководит лабораторией в Китае и разрабатывает устройство Орка, запускающее звуковые волны, влияющие на поведение кайдзю. Эксперимент проводится на Мотре, но вскоре на базу нападают наемники Алана Джоны. Эмму, дочку Мэдисон и прототип новейшего гаджета похищают. Исиро Сэридзава с коллегами стоят во главе Монарха, выступают за сосуществование с титаническими существами. Им принадлежит секретный объект на дне океана, куда приглашают Марка Расселла. Мотра воспользовалась неразберихой, чтобы сбежать и перейти во взрослую фазу.