Так как отец бойкой и активной Лары Крофт, Ричард, является настоящим исследователем и путешественником, посещающим отдаленные и экзотические точки земного шара, в поисках уникальных артефактов и прочих чудес, чадо не только боготворит брутального джентльмена, но и мечтает пойти по его стопам. Приходит день и мужчина таинственно исчезает без следа во время одной из своих экспедиций, причем куда именно он направлялся в этот раз никому точно не известно. Категорически отвергая версию его гибели, барышня пытается найти денег на спасательную экспедицию, для чего начинает разбор архивов родителя и неожиданно там натыкается на видеокассету, которую внимательно просматривает. Из нее она узнает о таинственном острове Яматой, где по легенде живет колдунья Химико, обладающая властью над жизнью и смертью. С помощью друга семьи Ана Миллера, героиня нанимает судно Endurance.