С юных лет Дэвид Хэллер страдает психическим расстройством, постоянно слыша какие-то голоса в голове и во время сна терроризируемый жуткими видениями. Поскольку разовые визиты к специалистам результата не приносят, в итоге бедняга оказывается в стенах специализированной клиники под названием Клоквокс, где доктора ставят бедолаге уверенный диагноз шизофрения и обещают если не полное излечение, то хотя бы купирование острых периодов. Конечно бедняга не подозревает, что на самом деле находится в специальной и совершенно секретной лаборатории, где за ним внимательно наблюдают члены правительственной команды именуемой «Подразделение 3». Есть подозрение, что герой является чрезвычайно мощным мутантом, чьи возможности еще не активизировались. Вот только специальные агенты не единственные кого интересует данный персонаж и однажды его похищают такие же товарищи по несчастью.